ランダムに選んだ中にトップページが含まれているのはなぜですか？

まず数量についてですが、40ページはJIS X 8341-3:2010 試験実施ガイドラインの提示している目安であり、必ずしも40ページである必要はありません。ランダムかどうかについては確かめようが無く、そのサイトに「ランダムに選んだ」とあれば、実際そうなのでしょう。ただし、重要な位置付けのページなのでトップページを試験対象に含めたということであれば、選択方法の記載内容が誤っているかもしれません。